靶位
- 基于CRISPR/CasX介导的水稻基因组编辑技术的建立
切割结构域即可在靶位点处产生DSBs［14］。另一方面，Cas12a可以靶向植物基因组中富含T的序列，弥补了Cas9只能识别富含G的序列的缺陷，进一步扩大了CRISPR/Cas系统的打靶范围［15］。Cas12e（又称CasX）是通过对地下水中的细菌进行宏基因组分析而确定的，CasX具有两个同源蛋白，来自Deltaproteobacteria的CasX（以下称为DpbCasX）和来自Planctomycetes的CasX（以下称为PlmCasX），它们具有
生物技术通报 2023年9期2023-10-25
- 利用CRISPR/Cas9 技术创建拟南芥AtDGK5基因的缺失表达突变体研究
并且该技术产生的靶位点突变可以稳定遗传给下一代，也避免了因传代过多造成的插入片段丢失问题。因此CRISPR/Cas9 技术被越来越广泛地应用到各种突变体创制中［9］。本实验室前期获得了多种T-DNA 插入不同AtDGK基因的突变体，并且借助杂交获得了不同组合的多重突变体。检测发现，AtDGK5基因的T-DNA插入突变体（SAIL_1212_E10）中，该基因仍有转录水平的表达，推测可能是由于该突变体的T-DNA插入到内含子区域所致。本研究拟通过CRISPR
河北农业大学学报 2023年3期2023-06-26
- 利用CRISPR/Cas9 技术定向编辑加工番茄 SlACS2
识别特定的基因组靶位点,针对每一个突变位点需要构建两个相应的核酸酶,操作繁琐; CRISPR/Cas是利用更简单的核苷酸互补配对方式识别特定的基因组靶位点,比ZFN和TALEN编辑效率高,构建更简单。CRISPR/Cas9 系统的首篇报道发表于《科学》杂志上,研究发现 CRISPR/Cas9 系统可以在体外切割双链 DNA,实现了在活细胞中进行基因编辑[12]。随后因其操作较为简单、效率高、应用更为广泛,相继在甜橙[13-15]、葡萄[16-18]、猕猴桃
西北农业学报 2023年6期2023-06-26
- 整合宏基因组学分析生猪养殖粪污发酵过程中耐药基因的动态变化
c)、改变抗生素靶位点(Antibiotic target alteration)、替换抗生素靶位点(Antibiotic target replacement)。抗生素外排类型基因共有76个,抗生素失活类型基因共有90个,降低抗生素渗透性类型基因共有7个,改变抗生素靶位点类型基因共有8个,替换抗生素靶位点类型基因共有7个。这些类型的基因丰度在第1天最高,在第4天丰度迅速下降,然后丰度再次升高,实验组的各个类型耐药基因和对照组降低抗生素渗透性类型基因、改变
西南农业学报 2023年3期2023-05-05
- 利用CRISPR/Cas9 技术靶向编辑青花菜BoZDS
因序列中寻找目标靶位点，通过软件评分和blast 搜索确定靶位点。将退火后的靶位点引物与AtU6-26-sgRNA-SK 质粒连接，得到sgRNA cassette 质粒，然后将酶切后pCAMBIA1300-pYAO : Cas9 质粒与sgRNA cassette 进行连接反应，连接产物转化大肠杆菌，挑取鉴定正确的单克隆扩大培养，提取质粒，相关引物序列见表1。1.2.2 农杆菌介导的青花菜遗传转化 青花菜遗传转化方法参照课题组已有的方法［12］，消毒后的
生物技术通报 2023年2期2023-03-07
- gRNA二级结构对拟南芥HD2基因CRISPR/Cas9编辑率的影响
因素,这主要是对靶位点序列的设计。虽然研究者们设计了多款专门用于gRNA设计的在线软件[14-16],这些软件能够筛选出评分较高的gRNA,为研究者们设计gRNA提供了一条途径。但仅仅根据设计软件,筛选使用评分最高的gRNA来构建载体,后续的基因编辑率仍然得不到有效的保障[17]。目前研究发现gRNA序列上优化的GC(Guanine-Cytosine)含量对基因的编辑率会产生一定的影响,高GC含量可使gRNA与基因组DNA的杂交趋于稳定[18],而低GC含
复旦学报（自然科学版） 2022年2期2023-01-09
- BnaTT2基因缺失黄籽甘蓝型油菜材料的创制
aTT2基因敲除靶位点序列设计 利用CRISPR/Cas9 在线靶位点设计网站(CRISPR RGET Tool)、油菜数据库(http://brassicadb.org/brad/index.php)以及NCBI提供的序列信息，对甘蓝型油菜基因BnaTT2进行序列比对，在不同拷贝的BnaTT2同源编码区上寻找包含CRISPR/Cas9系统可识别的共同靶位点核苷酸序列，设计靶位点，合成靶位点序列用于基因编辑，靶位点引物序列为17-TT2-P1(5′-ATT
西北农林科技大学学报（自然科学版） 2022年7期2022-07-12
- 陆地棉GhCRE1影响种子萌发初探
功能区均设计一个靶位点，以提高突变效率。利用软件CRISPR-P设计拟南芥CRE1靶位点分别为：靶位点1：ATCCTCTCACAACTCATTAC位于5′UTR区，GC含量40%，选用AtU3d-LacZ作为启动子；靶位点2：GCTGCTGCGTTTGAAAGAAA位于外显子区域，GC含量45%，选用 AtU6-1作为启动子。采用Overlapping PCR的方法分别将2个靶位点序列引入PCR正向及反向引物中，并引入依次排列的BsaⅠ酶切位点至引物5′端
华北农学报 2022年3期2022-07-11
- 利用CRISPR/Cas9技术构建斑马鱼Hand2基因敲除模型
and2基因的打靶位点设计通过生物信息学网站Ensembl（http://asia.ensembl.org/index.html）分析发现斑马鱼（Danio rerio）Hand2基因位于斑马鱼的1号染色体上，包含2个外显子，起始密码子ATG位于1号外显子上，在起始密码子后面的外显子区域设计打靶位点可提高基因敲除的有效性。打靶位点的设计遵循了以下原则：打靶位点碱基长度在18～20 bp左右；前间隔序列邻近基序（protospacer adjacent mo
激光生物学报 2022年2期2022-05-24
- 基于CRISPR/Cas9技术对水稻细胞质分裂关键基因OsMAP65-3s的编辑
个基因设计特异性靶位点，构建至同一个载体，用农杆菌介导的遗传转化获得转基因植株，测序分析靶位点序列，筛选编辑植株和突变体，旨在为探讨OsMAP65-3基因的功能和水稻细胞分裂调控机制奠定基础。1 材料与方法1.1 试验材料及田间管理大肠杆菌DH5α，感受态采用CaCl2法，参照《基因工程》[18]的方法制备。农杆菌EHA105，感受态采用Milani等[19]的方法制备。植物材料为粳稻品种日本晴(Nipponbare)，转基因材料均种于人工气候室，培养条件
核农学报 2022年4期2022-03-11
- 利用CRISPR/Cas9技术创制早熟甘蓝型油菜材料
nFRI基因敲除靶位点序列设计利用CRISPR/Cas9靶位点在线设计网站（CRISPR DESINGER），结合 Brassicadatabase（http://brassicadb.org/brad/）和NCBI提供的序列信息，对甘蓝油菜基因BnFLC和BnFRI分别进行比对分析，分别设计FLC和FRI的靶位点。1.2.2 载体的构建CRISPR/Cas9基因编辑载体pHSE401由中国农业大学陈其军教授提供，构建方法详见参考文献[13]，油菜FLC和
四川农业大学学报 2021年6期2022-01-05
- CRISPR/Cpf1单碱基编辑系统的构建及应用
酶，开发出能够对靶位点进行精准单碱基编辑的系统。该系统在不引起DNA双链断裂的情况下，实现胞嘧啶（cytosine，C）转化胸腺嘧啶（thymine，T）/鸟嘌呤（guanine，G）转化腺嘌呤（adenine，A）的替换，且通过不断改进可明显提高单碱基编辑效率，减少插入、删除（insertion and deletion，indel）和非预期突变[2−3]。该系统已成功在小麦（Triticum aesti⁃vum）[4]、水稻（Oryza sativa）
生物技术进展 2021年6期2021-12-01
- 声动力靶位药物传输联合HRZES方案治疗复治空洞型肺结核的疗效研究
加[2]。声动力靶位药物传输是疾病治疗的新技术，其通过超声波将体表药物贴片的靶位声敏药物渗透至深部组织，从而达到增加药物治疗效果的目的[3]。基于此原理，有学者[4]认为通过精确的病灶定位，声动力靶位药物传输能够经皮透入抗结核药物以促进临床疗效。但目前国内关于其用于复治空洞型肺结核的前瞻性报道还较为缺乏。因此本研究开展前瞻性对照试验，研究声动力靶位药物传输联合HRZES方案治疗复治空洞型肺结核的临床疗效，现作报道。1 资料与方法1.1 一般资料 本研究纳入
蚌埠医学院学报 2021年10期2021-11-08
- 斑马鱼Slc26A4基因敲除品系的构建
.1 sgRNA靶位点设计首先在Ensembl网站上（http://www.ensembl.org/index.html）获取目标基因的完整序列，各个转录本以及内外显子等信息；找出所有紧邻5‘-NGG-3’（PAM）的候选靶序列，靶序列一般大小为18～ 20bp。sgRNA引物序列F基本结构：靶序列前加保护碱基（gcg）和T7启动子[11]（TAATACGACT‐CACTATA），靶序列后加sgRNA骨架序列上游序列（GTTTTAGAGGCTAGAAATA
中华耳科学杂志 2021年4期2021-09-01
- 利用单碱基编辑系统定点编辑哈萨克羊MSTN基因的研究
Cas9酶可以在靶位点造成DNA双链断裂(double-strand break, DSB)，然后利用细胞自身的2种修复机制——非同源末端连接(nonhomologous end joining, NHEJ)和同源性定向修复(homology directed repair, HDR)机制实现基因编辑。其中，NHEJ修复机制会引入碱基对插入和缺失(indels)[12]；而HDR修复机制结合外源模板可以实现基因组精确编辑，但HDR机制较为复杂，且对细胞周期
畜牧兽医学报 2021年8期2021-08-23
- 斑马鱼myo7ab基因敲除品系的构建
NA（gRNA）靶位点设计首先，在Ensembl网站（http://www.ensembl.org/index.html）上获取目标基因的完整基因组序列（ENSDARG00000044632）、各个转录本以及内外显子等信息；找出所有紧邻5'-NGG-3'（protospacer adjacent motif，PAM）的候选靶序列，靶序列一般大小为18～20 bp。gRNA引物序列F基本结构：靶序列前加保护碱基（gcg）和T7启动子（TAATACGACTCA
激光生物学报 2021年3期2021-07-07
- 运动神经元病证候要素分布及组合规律探析
”“血虚”，证候靶位“肝”“肾”。在证候要素提取中，对于有歧义之处，请教2～3名副主任以上医师讨论解决。1.6.3 统计方法 采用Excel建立数据库，由双人分别独立进行数据录入，数据二次检验，修正数据库。用SPSS 25.0统计软件，分析证候、证候要素的频次、频率及构成比，采用系统聚类分析法(欧氏距离)，将文献病例所得证候要素、证候靶位聚类分析，从而选出具有代表性的病位、病性作分析，以探索运动神经元病中医证候要素的分布及组合规律。2 结果2.1 文献的收
环球中医药 2020年12期2020-12-30
- 基因组编辑技术在植物中的应用研究进展
基因)特定位置(靶位点)制造DNA双链断裂(Double strand break，DSB)，进而利用生物体自身的同源重组(Homologous recombination，HR)或非同源末端连接(Non-homologous end joining，NHEJ)修复机制对DNA双链进行修复，实现基因组的定向编辑[1]。在基因组编辑技术出现前，对基因功能的研究主要通过自然突变、物理或化学诱变、T-DNA随机插入等方式获得突变体，通过对突变体的研究获得突变基因
贵州农业科学 2020年12期2020-12-18
- 利用CRISPR/Cas9技术对鸡AMHR2基因进行精确编辑
鸡AMHR2基因靶位点的选择 通过crispr.mit.edu:807网站对鸡AMHR2基因的特异CDs区序列进行CRISPR/Cas9靶位点预测，根据PAM和得分，选择位于第二外显子上相距14 bp、GC含量分别为80%和75%(sg2-1: CTTCAGGCTGCGGCGCGCGCTGG；sg2-4: GTGGTGCGACTCCACGCCGCCGG)的成对靶位点。1.2.2 鸡AMHR2基因CRISPR/Cas9敲除载体的构建 通过Annealing
家畜生态学报 2020年6期2020-07-02
- 利用CRISPR/Cas9敲除大麦靶基因
隔序列)，使其与靶位点互补，并为Cas 9加上核定位信号，可以在植物或其它真核基因组的特定位点引入DSB。sgRNA靶点特异的5′端前间隔序列只有20个核苷酸，不论什么靶位点，它的其余部分都是一样的(图1)。Cas 9/sgRNA复合体能够查询基因组序列，并在匹配处引入DSB。sgRNA功能的关键决定因素是同源基因组序列是否紧接NGG，其通常被称为原间隔基序(Protospacer adjacent motif，PAM)。如果在基因组中发现23个碱基序列(
耕作与栽培 2020年2期2020-06-12
- 基于CRISPR/Cas9技术的烟草CPS2基因敲除及功能分析
gRNA）与基因靶位点序列结合，在Cas9 蛋白的作用下对靶DNA 分子进行剪切，DNA 分子发生断裂后会自动进行修复，在修复过程中可能会出现碱基的插入、缺失和替换，这可能会导致翻译提前终止，进而使原有的基因功能丧失［5-6］。CRISPR/Cas9 技术广泛应用于作物遗传改良和品种培育［7-10］。Wang 等［11］敲除小麦中3 个TaMLO 同源白粉病易感基因，得到了对白粉病具有抗性的小麦；ZHOU 等［12］创建了水稻温敏核雄性不育系；Shi 等［
烟草科技 2020年5期2020-06-06
- 斑马鱼miR-196a-1基因敲除品系的构建
21]。目的基因靶位置序列的3’端有原间隔序列相邻基序PAM(protospacer adjacent motifs),为5’-NGG-3’序列，这是Cas9蛋白的识别位点。最后，通过改变sgRNA序列，体外合成sgRNA，Cas9蛋白可以靶向切割目的基因，从而达到基因敲除的目的[22,23]。目前，miRNA调控生物发育、肿瘤发生和发展机制越来越受到人们的关注，但是，许多miRNA的功能仍然未知。为了研究miR-196a-1基因在斑马鱼肠道发育过程中的作
激光生物学报 2020年2期2020-05-28
- CRISPR/Cas9技术编辑OsRhoGDI2基因导致水稻半矮化
hoGDI2编辑靶位点的选择将(AY364312) 提交至NCBI (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/) 进行检索，找到全基因序列，获得外显子信息。根据gRNA设计原则，在1号外显子上设计2个gRNA靶位点，并将其与水稻基因组blast比对分析验证，确认靶序列的特异性。1.6 中间载体的构建通过P1/P2引物退火，制备gRNA1片段，反应体系如下：P1/P2各5 µL，H2O 40 µL；反应条件如下：95 ℃变性10 min、5
生物工程学报 2020年4期2020-05-07
- 浅谈医用超声诊断仪超声源的不确定度评定
调零。调节设备的靶位调节旋钮，使靶位指零，即此时设备水平。将超声仪器的界面冻结，随后将腹部探头浸入水中，再将界面冻结状态解除，此时探头输出超声波，靶位受力稍稍偏离零位，再次调节靶位调节旋钮，再次归零后显示屏上所显示的示值即为输出功率，即本次的测量值，再将测量值除以有效面积，即为输出声强。3 数学模型I=PA（mW/cm2）式中：P——仪器示值，mW;A——探头有效发射面积，cm2。若探头为扇扫探头，则A取1.6cm2。4 输入量的标准不确定度评定输入量的不
科技风 2020年13期2020-05-03
- 胰腺癌细胞ezrin基因转录调控区及其gRNA靶位点鉴定
录调控区gRNA靶位点，检测转染携带gRNA序列的基因编辑重组质粒对靶位点的切割作用以及对胰腺癌细胞增殖能力的影响，为进一步研究胰腺癌细胞ezrin基因的转录调控机制奠定基础。1 材料与方法1.1 质粒、细胞及主要试剂胰腺癌Panc-1细胞购自中国科学院上海细胞库；基因编辑骨架质粒pSpCas9(BB)-2A-GFP(Addgene plasmid ID：48138，简称pX458)和pSpCas9(BB)-2A-Puro(Addgene plasmid
医学研究生学报 2020年2期2020-03-27
- 招远金翅岭金矿构造叠加晕深部探矿成果验证分析
2）地质特征。在靶位上方，9CK3、13CK8钻孔在矿脉位置构造存在，金品位最高达19.1g/t，矿脉真厚度1.35m～2.09m。（3）构造叠加晕特征。靶位上方Au为强、内、中、外带异常分布，强、内带异常较连续；前缘晕元素：As为内、中、外带异常，Sb为中、外带异，Hg外带异常，B外带异常；近矿晕元素：Ag为中、外带异常，Cu为内、中、外带异常，Pb为内、中、外带异常，Zn为内、中、外带异常；尾晕元素：Mo外带异常，Bi为外带异常，Mn为外带异常，Co为
世界有色金属 2019年21期2020-01-09
- CRISPR/dCas9在细菌转录调控中的应用及展望
SPRCas系统靶位点基因的序列，该序列是一段外源侵入至 CRISPR阵列的 DNA．crRNA主要通过结合 Cas蛋白和特异的 20nt左右的间隔序列对 DNA序列进行特异的靶边点识别，并实现对靶位点 DNA的切割[2-3]．通过整合外源侵入的 DNA，CRISPR 能够记录下外源 DNA的具体序列，从而实现对外源 DNA特定序列的切割．基于不同 CRISPR免疫系统中crRNA和Cas蛋白的不同，CRISPR-Cas系统主要通过其特征基因分为三大类型：
天津科技大学学报 2019年2期2019-04-22
- 水稻膜联蛋白基因OsAnn8干旱和低温条件下表达模式以及CRISPR/Cas9定点编辑
，并成功地获得了靶位点敲除的T0转基因突变体植株。该研究为后续OsAnn8基因在干旱和低温胁迫环境下的功能和作用机制研究奠定了重要的材料基础。也证实了CRISPR/CAS9技术在水稻功能基因研究中应用的高效和易操作的特点。1 材料和方法1.1 试验材料1.1.1 植物材料与处理 以水稻粳稻品种TP309作为转基因受体和非生物胁迫处理试验材料。在江西省作物生长发育调控重点实验室中用无菌水及滤纸发芽，然后移栽到规格19.5 cm×14.5 cm×5.5 cm(
华北农学报 2019年1期2019-03-08
- 超声电导靶位透入大黄至天枢穴促进胃癌患者术后早期胃肠功能恢复的临床护理研究
-7]。超声电导靶位透药治疗技术是近年来兴起的新的药物治疗技术，可综合采用电致孔、超声空化、离子导入等物理手段来实现定位、定量、定速透皮给药[8]。本研究探讨超声电导靶位透药治疗对促进胃癌患者术后胃肠功能恢复的效果，现报告如下。1 资料与方法1.1 一般资料选取2017年8月—2018年1月本院胃外科行胃癌根治术患者100例。纳入标准: ① 术前经胃镜及病理检查确诊为胃癌，经胸、腹部CT等检查未发现远处脏器及器官转移; ② 无严重心、脑、肝、肺、肾等器官功
实用临床医药杂志 2019年2期2019-02-15
- 利用CRISPR/Cas9技术敲除斑马鱼核受体PXR基因初探*
切酶准确识别特定靶位点进行DNA双链剪切[9]，利用细胞的非同源末端自我连接修复机制，断裂处的基因片段在自我修复过程中可能会出现插入或缺失突变现象[10]，从而改变基因组原始结构，达成基因编辑目的。本研究利用CRISPR/Cas9基因编辑技术，以模式生物斑马鱼为研究对象，建立鱼类体内和污染物代谢密切相关的核转录因子PXR基因靶向敲除系统，获得完全缺失PXR基因的斑马鱼，为PXR基因的相关研究提供基础研究材料。1 材料与方法野生型斑马鱼品系Tuebingen
中山大学学报(自然科学版)(中英文) 2018年5期2018-10-09
- 利用CRISPR/Cas9系统定向编辑水稻SD1基因
SPR/Cas9靶位点选择使用 CRISPR Primer Designer软件[25]进行CRISPR/Cas9靶位点选择。然后通过水稻基因组BLAST分析，确保靶位点的特异性。1.6 CRISPR/Cas9表达载体的构建根据靶位点的序列，合成两条引物Oligo-F和Oligo-R，每条引物(10µmol/L)各取1µL，加入8µL退火缓冲液(TE+50 mmol/L NaCl），以0.1℃/s的速率从95℃降到16℃，获得靶位点接头。中间载体psgR-
中国水稻科学 2018年3期2018-05-25
- 利用rBE3和rBE4系统进行水稻基因单碱基编辑的特异性和遗传稳定性分析
gRNA的潜在脱靶位点进行预测，并对T0代材料中的各脱靶位点进行PCR扩增和Sanger测序检测；同时对该两个基因的突变体材料自交获得的T1代植株的靶位点序列和外源T-DNA分离进行检测。结果显示各T0代材料均未检测到潜在脱靶位点发生单碱基编辑；此外，和含有相同的sgRNA位点，且两个位点均能发生单碱基编辑；rBE3或rBE4系统介导产生的碱基编辑可稳定遗传至T1代，并在T1代可获得无外源T-DNA的纯合突变体。上述结果表明由rBE3或rBE4介导的碱基编
生物工程学报 2017年10期2017-11-21
- AtPHO2的CRISPR/Cas9靶向敲除及其在拟南芥中功能分析
22-23]，与靶位点特异性结合并引导Cas9 蛋白对靶位点的剪切。sgRNA 序列较短，便于设计和载体构建，CRISPR/Cas9技术的这一特性，使其构建简便、易操作和高效率，也推动了该技术的广泛应用[22-25]。本研究将利用CRISPR/Cas9基因编辑技术，靶向敲除AtPHO2 基因，获得新的crispr-Atpho2 突变体，并分析基因表达和其对磷代谢的影响，为CRISPR/Cas9基因编辑技术在作物遗传改良方面提供理论和技术依据。1 材料与方法
河南农业大学学报 2017年4期2017-10-25
- 声动力靶位药物传输辅助治疗复治空洞型肺结核临床观察
0041)声动力靶位药物传输辅助治疗复治空洞型肺结核临床观察党萍，王建梅，耿书军，侯莉莉，陈叶红，马清艳，康冠楠(河北省胸科医院，石家庄050041)目的 探讨声动力靶位药物传输辅助治疗复治空洞型肺结核的临床效果。方法 选取复治空洞型肺结核患者146例，随机分为观察组、对照组各73例。两组均采用HRZE标准化疗方案治疗，观察组在此基础上采用声动力靶位药物传输治疗。比较两组治疗6、12个月痰菌转阴率、病灶吸收有效率、空洞闭合有效率，以及治疗12个月内不良反应
山东医药 2017年28期2017-09-03
- 声动力靶位药物传输联合全身化学治疗老年肺结核安全性及疗效分析*
0041)声动力靶位药物传输联合全身化学治疗老年肺结核安全性及疗效分析*党 萍，康冠楠，侯莉莉，耿书军，马清艳，陈叶红, 王建梅△河北省胸科医院(石家庄050041)目的：探究并分析声动力靶位药物传输联合全身化学治疗老年肺结核的安全性及临床疗效。方法：选取老年肺结核病人122例，将其随机分成治疗组和对照组两组，每组各61例；治疗组采用声动力靶位药物传输联合全身化学治疗，对照组仅采用全身化学治疗，两组的全身化学治疗方案相同。观察两组患者在治疗前后的临床症状及
陕西医学杂志 2017年7期2017-07-18
- CRISPR/Cas9系统对斑马鱼fhl1a基因敲除有效性的研究
号外显子处选取打靶位点，构建sgRNA表达载体.将体外转录的sgRNA和Cas9 mRNA混合物分别显微注射到斑马鱼单细胞期的受精卵中以期实现对目的靶基因fhl1a的敲除.随后收集部分72 h胚胎进行PCR检测和产物直接测序，确定有无突变.为进一步验证突变是否可稳定遗传，选择具有敲除了的F0与野生型斑马鱼进行外交，对获得的F1进行逐一剪尾，提取DNA进行PCR和测序分析.结果显示F1获得了不同程度的插入、缺失等突变类型.研究结果证明所设计的fhl1a基因C
湖南师范大学自然科学学报 2017年3期2017-06-19
- 基于miRNA-靶位点配对的序列特征研究
基于miRNA-靶位点配对的序列特征研究滕少华1，夏飞迪1，张 巍1，刘冬宁1，王 洋2，邹小勇2*(1.广东工业大学 计算机学院，广东 广州 510006；2.中山大学 化学学院，广东 广州 510275)miRNA与其靶基因的作用机制十分复杂，因此，miRNA靶基因识别问题一直是miRNA研究领域的热点难题。该文基于CLASH数据集，提出了miRNA-靶位点配对序列特征，并使用随机森林建模。实验结果表明，本模型的Acc，Sen，Spe，Pre以及Mcc
分析测试学报 2017年5期2017-06-07
- 文本挖掘在药物靶位研究中的应用
是寻找和筛选药物靶位(drug target)。药物靶位是指机体内具有药效功能并且能被药物作用的生物大分子物质，如某些蛋白质和核酸等。文本挖掘是目前发现潜在药物靶位的新兴手段之一，目前大多数文章都是通过定性和举例来阐述文本挖掘技术在药物靶位领域的研究成果。本文通过构建词篇矩阵等数学模型，以聚类方式更加直观和科学地定量阐述了自1999-2015年该领域的发展情况，希望对相关领域的研究人员选择参考文献和研究方向有所帮助。1 资料来源与方法首先对该领域高被引论文
中华医学图书情报杂志 2017年3期2017-03-21
- 远距离封闭靶道照明系统技术研究
面瞄准点、枪位与靶位之间的环境区这4个重点部位或区域的参数合理的光线，这些参数主要包括照度、均匀度、色温、显色指数等，能最大可能的满足自然光的优点[1]，光线柔和、照度均匀、强度合适、无频闪，又能摒弃自然光条件下观瞄的一些缺点，诸如光线太强，射手感觉刺眼，机械瞄具准星重影明显，光学瞄具观瞄目标及目标周围环境过于清晰，射手呼吸微动却感觉枪体晃动明显，主观感觉难以将光瞄十字始终套牢瞄准目标。2 封闭靶道照明系统设计分析2.1 封闭靶道射击试验的视觉环境特性封闭
照明工程学报 2016年4期2016-12-02
- 利用CRISPR/Cas9技术敲除水稻Pi21基因的效率分析
i21基因的两个靶位点(靶位1和靶位2)，构建基因敲除载体，转化水稻品种南粳9108。经PCR鉴定，获得了28株T0代阳性转基因植株。对靶位点酶切检测发现，靶位 1突变效率为78.57%，靶位 2突变效率为92.86%；靶位 1和靶位 2同时突变的效率为78.57%，突变效率较高。通过对靶位点进行测序，发现靶位点突变类型较多，包括碱基缺失、碱基插入、碱基缺失后插入其他碱基和大片段DNA缺失等类型。对突变株系进行氨基酸预测，发现大部分株系都存在移码突变现象而
中国水稻科学 2016年5期2016-10-25
- 靶向REST基因TALEN质粒的快速构建与活性检测
息设计TALEN靶位，使用单元组装的方法快速构建TALEN质粒，在293T细胞中进行活性检测并计算突变效率。结果针对REST设计并成功构建5个TALEN质粒，组成6对TALEN并实现基因打靶，其中L1和R3组合的突变效率达到60.9%。结论成功获得了靶向人REST基因的高效TALEN，为进一步研究REST的基因功能及其在相关疾病中的作用奠定基础。REST；类转录激活因子效应物核酸酶；质粒构建；活性检测RE1沉默性转录因子（RE 1-silencing tr
中国医科大学学报 2016年10期2016-10-24
- 基于Zigbee的新型激光模拟对抗训练系统设计
制台、射击单元和靶位单元的数据互联互通。总站可实时监控训练态势、自动识别与评估双方毁伤情况、实时显示战场态势,为检验训练效果提供了重要科学手段。Zigbee；激光；STM32；模拟对抗1 引 言传统的对抗射击训练系统不能真枪实弹地对抗,很难真实反映火力交战过程和双方战损情况,胜负往往取决于导调人员的主观评判,以致于实战效果、导调控制、裁决评估这3个关键问题无法有效解决,对抗结果难以令人信服。本文结合传统激光模拟对抗训练系统和激光打靶系统的特点,设计了一种新
激光与红外 2015年6期2015-11-24
- RamR突变协同靶位基因突变对沙门氏菌耐药性影响的研究
RamR突变协同靶位基因突变对沙门氏菌耐药性影响的研究付晓平 李嘉彬 蒋红霞(广东科贸职业学院,广东广州 510430)从实验室保存的沙门菌中筛选出33株对环丙沙星呈现不同敏感程度的分离株,采用PCR方法检测喹诺酮类作用靶位基因突变和外排泵调控基因ramA的负调控蛋白编码基因ramR的突变。结果表明,33株沙门菌中,凡是高水平耐药菌和环丙沙星耐药菌株都发生GyrA和ParC的多位点突变,突变主要在gyrA和parC基因的QRDR,即GyrA发生83和87位
兽医导刊 2015年24期2015-08-01
- miR-15b在内皮细胞的功能及其与血管相关性疾病的关系
是，其部分成员的靶位涵盖了Dicer[14]和Ago[15]，从而构成了对整个miRNA生成和作用系统的负反馈抑制。miR-15/107组群通过对其靶mRNA的干扰，影响细胞的分裂、能量代谢、血管生成等功能，进而参与到肿瘤、退行性变等多种人类疾病中。1 miR-15b对细胞行为学的影响及其机制miR-15b最先由Lagos-Quintana等[16]在小鼠组织中检测出来，随后经Michael等[17]证实也存在于人类组织。hsa-miR-15b基因位于染色
遗传 2015年2期2015-02-12
- GFAP是一种新型1型糖尿病的预测和治疗靶位蛋白
尿病的预测和治疗靶位蛋白庞正达1，4，Hironori NAKAGAMI2，Hiroshi KORIYAMA2，Masayoshi HIGUCHI1，Ryuichi MORISHITA3 (1Department of Geriatric Medicine and Nephrology，2Department of Health Development and Medicine， 3Department of Clinical Gene Therapy，O
中国病理生理杂志 2015年10期2015-01-26
- CRISPR/Cas基因组靶向编辑技术综述
5′端区域能够与靶位点互补配对，而其3′端能够与tracrRNA（trans-activating crRNA）及Cas9蛋白形成复合物，从而引导Cas9蛋白结合于靶位点进行特异性地切割。CRISPR/ Cas系统与其他外源核酸防御系统（如限制修饰系统）最重要的区别在于：CRISPR/Cas系统具有记忆性，细菌会记忆首次入侵外源核酸的信息，在其再次入侵时，特异性的识别并切割这些外源核酸酶使其降解，保护自身遗传物质的完整准确[1]。特异的Cas蛋白会识别外源
中国医药导报 2014年22期2014-09-26
- 人工核酸酶用于基因组定点编辑的研究进展
构建EN，进而在靶位切断基因组DNA，形成双链断裂(double-strand break，DSB);其次，DNA 损伤激活DNA 修复通路，启动自我修复。修复通常由一种或两种途径完成:切断的DNA 末端进行易错的非同源末端连接(non-homologous end joining，NHEJ)，或利用DNA 模板进行同源重组(homologous recombination，HR)。NHEJ 修复能够产生较小的插入或缺失，使基因发生突变或完全敲除;而以引入
基础医学与临床 2013年12期2013-02-19
- 抗菌药物新靶位
综述·抗菌药物新靶位陈盈盈，张玉彬，顾觉奋近年来，由于过度使用抗生素，特别是滥用抗生素，病原菌日益广泛的耐药性已成为药物治疗中越来越常见的问题[1]。为了克服细菌的耐药性，特别是多重耐药性问题，人们需要运用新的思路去发掘新的抗生素，因此，探索新型抗菌机制已成为目前的迫切需要。本文综述了近几年发现的抗菌药物的新靶位，分别从作用于细菌（真菌）细胞壁、细胞膜、RNA 聚合酶、胞内代谢及调控等 4 方面来谈抗菌药物的新作用靶位。1 细胞壁肽聚糖（peptidogl
中国医药生物技术 2012年4期2012-04-13
- 靶位体液更新疗法治疗骨结核
庆 400035靶位体液更新疗法治疗骨结核吕东尧 王贻青重庆贻青中医医院，四川重庆 400035目的 分析液源性破坏对骨结核的影响，评价靶位体液更新疗法治疗骨结核的临床疗效。方法 回顾性分析94例骨结核患者的一般资料，分析其治疗效果。结果 随访94病人，其中89例临床症状消失，血沉均恢复正常，窦道完全闭合，骨质修复良好。结论 液源性破坏使患部组织不可避免的进入了一个恶性循环中，加之细菌耐药，手术的创伤、瘢痕、窦道等更给本病的治疗增加了难度。笔者对骨结核论治
中外医疗 2012年21期2012-01-16
- p53靶位基因Wig-1——肿瘤与干细胞新的调控因子
为转录因子调节其靶位基因的表达，因此深入研究p53靶位基因的功能对完全阐明p53的功能是至关重要的。Wig-1(wild-type p53-induced gene 1)是p53基因的靶位基因之一，野生型p53可以激活Wig-1诱导细胞凋亡，研究发现Wig-1作为p53信号通路下游分子具有重要功能，阐明Wig-1的功能对于全面理解p53信号通路具有重要意义。1 Wig-1蛋白的结构和功能特征Wig-1，也叫 PAG608 或ZMAT3，是最早作为 p53的
医学综述 2011年21期2011-12-09
- 格斗专项身体素质及辅助训练手段
提高身体协调性的靶位练习计划。（2）制定能够提高完整的进攻性击打与提高反击打能力的练习计划。（3）根据实战要求，制定相应的组合动作的靶位程序。（4）制定能够提高与培养正确击打节奏的练习计划，如单击、连击、动作性击打以及组合击打。制定正确的手靶练习计划，有利于运动员巩固击打技术，并能够在实距中得到应用与发挥，使所有的击打更加熟练与完善。拳击运动训练中的手靶练习是一项重要的练习手段，它可以提高击打准确性，出拳速度，反应速度和维持身体重心平衡的能力。手靶分固定手
运动 2011年12期2011-08-15
- 多靶位FISH技术在膀胱癌诊治中的应用进展
研究表明［3］多靶位荧光原位杂交(FISH)技术对于膀胱癌具有高度的敏感性和特异性，可以用于早期诊断膀胱肿瘤及其预后评估。现将多靶位FISH在膀胱癌诊治中的应用综述如下。1 FISH技术的原理及特点FISH是一种非放射性分子细胞遗传学技术，其基本原理是通过标记的DNA探针与细胞核内的DNA靶序列杂交，获得细胞内多条染色体(或染色体片段)或多种基因状态的信息，用已知的荧光素标记单链核酸为探针，按照碱基互补的原则，与待检材料中未知的单链核酸进行特异性结合，形成
山东医药 2011年46期2011-04-13
- 下肢深静脉血栓形成的证候要素研究
虚；常见证候要素靶位为脾，其中急性期的基本证候要素为湿、热，非急性期常见证候要素为血瘀、湿和脾阳虚。结论：下肢深静脉血栓形成的病机变化是以血瘀为基础，受多因素影响、虚实错杂的复杂过程。证候研究中，简化成证候要素的形式具有更强的可操作性。深静脉血栓形成；中医；证候要素深静脉血栓形成（deep venous thrombosis，DVT）是严重威胁人类健康的常见周围血管疾病，多发于下肢。在中医学属于“股肿”、“瘀血流注”等范畴。中医辨证治疗是DVT的重要治疗方
中国中西医结合外科杂志 2010年4期2010-08-09
- 阿德福韦酯联合干扰素α-2b治疗慢性乙型肝炎疗效观察
药物有不同的作用靶位，通过不同的作用靶位，可以抑制HBV复制和表达，干扰素的作用靶位是在RNA水平，既可抑制HBV-DNA复制，也可抑制病毒蛋白表达。而核苷类似物(阿德福韦酯)的作用靶位是抑制HBV-DNA多聚酶，主要使HBVDNA的复制受到抑制。阿德福韦酯可使HBV的复制持续得到抑制，从而使体内DNA库耗竭，并通过增强机体以清除，进而达到抗病毒疗效［5，6］。本研究我们利用阿德福韦酯和干扰索α-2b两种药物作用不同的靶位，同时抑制病毒复制及抑制病毒蛋白表
山东医药 2010年31期2010-05-23
- 两次踏进同一条河流的人
了最后一枪，2号靶位的埃蒙斯像往常一样最后一个击发。他只要得到不低于7.1环的成绩就能夺冠，但最后一声枪响后，正当他举起双手准备欢呼的时候，坏消息传来，他居然打错了靶，2号靶位的他却把子弹射向了3号靶位。在美国人出现脱靶这种超级失误后，金牌属于中国队的贾占波。2008年8月17日，北京射击馆迎来奥运会射击比赛的最后一天，在男子50米步枪三姿决赛中，美国选手埃蒙斯在前九枪取得巨大领先的情况下(领先第二名3.3环)，最后一个射击的他只要打出6.7环就能稳获冠军
意林 2008年19期2008-05-14
- 跆拳道技术训练手段
在前斜上方。整个靶位在人体前方(图3)。横踢分中段和上段两个高度，中段在腹胸之间，上段即为头的高度。踢击时用脚背击打靶心位置。(3)劈踢。靶位在持靶人的体侧，握靶柄的前端，靶身和地面平行，靶面微向斜上方(图4)。另一种握法是靶柄指向正上方，靶前边缘在下方，靶面与地面垂直(图5)。劈踢时靶位与头同高，用脚掌击打靶心位置，使脚靶发出清脆声响。(4)侧踢和推踢。侧踢和推踢练习时的握靶方法相同，都可用单手靶和双手靶进行练习。握靶柄的中间，靶柄、靶前边缘与水平面垂直
精武 1999年12期1999-06-13